أتاح نظام رافد خاصية «إدارة البناء المؤسسي» لجميع الجمعيات ضمن التحديث الجديد، وتندرج هذه الإدارة أسفل الإدارة الإشرافية والتنفيذية. ويدعو النظام الجمعيات إلى مراجعة صلاحيات الصفحات الجديدة من صفحة صلاحيات مديري النظام وتحديد الصلاحيات المطلوبة للمخوّلين وفق احتياجهم.